1907 januárjában kezdte meg ásatásait a miráni romhelyen. Februárban folytatta útját Dunhuang
felé. Azon a helyen, ahol a Szuloho elvész a homokban, ősi fal maradványait fedezte fel, melyet a hasonlóság
miatt limes-nek nevezett. Két hónap alatt mintegy 220 kilométer hosszúságban felmérte a határfalat, s megtalálta
az ún. Jade-kaput (Yumenguan). A fal a Han-dinasztia idején épült azzal a céllal, hogy védelmet nyújtson az észak felől
betörő hunokkal szemben. Májusban elindult útjának következő állomása felé, az Ezer Buddha barlangtemplomokhoz, ahol
Wang Yuanlu helyi szerzetes 1900-ban a világ egyik legjelentősebb papírarchívumát fedezte fel. A befalazott cella több tízezer,
5-11. század közötti kéziratot, valamint főleg Tang-kori selyemfestményeket őrzött meg igen kiváló minőségben. Ez a felfedezés
hatalmas lökést adott a középkori Kínával és Belső-Ázsiával kapcsolatos kutatásoknak (lásd Dunhuang-kiállításunk honlapját).

Júniusban Stein továbbutazott Anxi oázis felé. Ezután a Nan-sanban készített térképészeti felvételeket, majd következett a második
téli ásatási szezon a Tarim-medencében. Anxitól Karasahrig több mint 1400 kilométeren át követte azokat a katonai és kereskedelmi
útvonalakat, amelyeken keresztül Kína a Tang-kortól kezdődően a Nyugattal érintkezett. Hámi és Turfán területén fontos ásatási
helyszíneket vizsgált át. Decemberben a Karasahrtól délnyugati irányban fekvő Ming-oi romhelyen található buddhista szentélyeknél
kezdett ásatásokat. Kucsár felkeresése után észak-déli irányban átszelte a Takla-makánt, arrafelé indulva, ahol a Kerija folyó elvész
a homokban. 1908 februárjában új ásatásokat kezdett Karadongban, majd a Jurung-kás forrásvidékéhez indult. Mialatt a Kunlun
hegységben térképezett, súlyos balesetet szenvedett.

A II. expedíció népszerű leírása, a Ruins of Desert Cathay 1912-ben jelent meg. Az expedíció tudományos eredményeit az 1921-ben megjelent
öt kötetes Serindia foglalja össze.

Stein Aurél harminc hónapos
terepmunkája alatt több
mint 16,000 kilométert
tett meg. 1906 áprilisában
indult az indiai határszélről
Csitrálon és Masztudzson
keresztül, ahol történeti
és néprajzi adatokat is
gyűjtött. A 4700 méter
magas Darkót-hágón átkelve,
majd gleccserén leereszkedve annak
a Tang-kori évkönyvekben (Tang
Liudian) megörökített katonai
expedíciónak az útvonalát igyekezett
felderíteni, amely 747-ben Gao
Xianzhi kínai tábornok vezetésével
a Pamíron és a Hindukuson átkelve
ereszkedett le Gilgit területére. Az afgán 
uralkodó engedélyével szabadon átvonulhatott
Váhánon és az afgán Pamíron, majd
Kásgarban pihent meg. Ezután
Járkand érintésével Khotanba
utazott, a nyári hónapokat
pedig a Kunlun hegység feltérképezetlen
magas övezeteiben töltötte. Ezt követően Khotan környékén
korábban nem ismert romhelyeket kutatott át, majd visszatért Nijába,
ahol már az előző expedíció alatt is jelentős leletanyagot gyűjtött. Innen
Csarcsan érintésével ment Csarklikba, végül felkereste Loulan romjait.