La nobleza liberal que gobernó hungría en el siglo XIX puso un énfasis especial en el desarrollo del sistema educativo. Becas y ayudas estatales elevaron el nivel de la educación superior enviando a los futuros profesores universitarios al extranjero. Así es cómo Stein pudo estudiar en las universidades europeas de mayor prestigio en su época y seguir luego estudios de postdoctorado en Inglaterra.

Stein asistió inicialmente a las escuelas de su ciudad natal, antes de marchar a Dresde. Volvió a Budapest para sus exámenes finales en el prestigioso Gymnasium luterano. Estudió luego orientado por los mejores especialistas en India e Irán en Viena y Leipzig, y preparó su tesis doctoral en la universidad de Tubinga. A los 21 años obtuvo el título de doctor bajo la dirección del profesor Rudolf von Roth (1821-1895), gran autoridad en lengua y literatura védicas. Entre 1884 y 186, con una beca del gobierno húngaro para estudios de postdoctorado, viajó a Londres, Oxford y Cambridge a estudiar las colecciones de libros y monedas orientales en instituciones como el Ashmolean Museum, la Bodleian Library y el British Museum. También estudió lenguas indias modernas en el Colegio Oriental de Woking, a las órdenes de otro nativo de Budapest, Wilhelm Gottlieb Leitner (180-1899). De 1885 a 1886 interrumpió su investigación para pasar un año de instrucción como oficial de la reserva en la Academia Militar Ludovika, en Budapest. Los conocimientos de cartografía y agrimensura que adquirió allá contribuyeron grandemente a los descubrimientos que haría en Asia Central, los cuales le aseguraron, también, una lugar en la historia de la geografía.