La Agencía de Exploración Arqueológica India en su
forma actual fue iniciada en 1861. Su reactivación
ocurrió durante el virreinato (1899-1905) de Lord
Nathaniel Curzon (1859-1925) quien, advirtiendo la falta
de coordinación , propuso la reposición del cargo de Director General.
Sir John Marshall (1876-1958) fue designado jefe del departamento
en 1902, un puesto que detentó 26 años.

Stein se unió a la Agencía en enero de 1904, convirtiéndose en Inspector General de Educación y Supervisor Arqueológico de Baluchistán y del territorio de la Provincia de la Frontera Noroeste, según la reorganización de Curzon.

Entre 1910 y 1917 fue Superintendente de Arqueología en la Provincia de la Frontera Noroeste, y Conservador del Museo de Peshawar.

Después de su retirada oficial en 1917, obtuvo una extensión del servicio con el ‘encargo especial’ de trabajar en sus libros y en sus hallazgos de la tercera expedición, hasta 1928. Entonces se retiró finalmente del servicio en la India.

Los resultados de su trabajo en la arqueología india pueden leerse en las publicaciones oficiales de aquella exploración.