Stein Aurél 1887 decemberében érkezett Indiába, s élete végéig ott élt. Hamarosan elnyerte a lahori Pandzsábi Egyetem hivatalvezetői posztját, s egyúttal a Keleti Kollégium igazgatója is volt. Az első időktől kezdve jól érezte magát a lahori brit kolóniában, nagyrészt annak a három tudósnak köszönhetően, akikkel megérkezése után ismerkedett meg és kötött életre szóló barátságot: P. S. Allen (1869-1933) történész és Erasmus-kutató, az arabista Sir Thomas Walker Arnold (1864-1930), illetve Frederick Henry Andrews (1866-1957), aki ebben az időben a Mayo School of Art igazgatója volt, később pedig Stein asszisztenseként évtizedeken keresztül dolgozott barátja régészeti leleteinek katalogizálásán.

Stein Aurél az Indiában töltött első évtizedben filológusként működött. Szanszkrit kéziratokat gyűjtött, s elkészítette Kalhana 12. századi kasmíri krónikájának, a Rádzsataranginínek kritikai kiadását, majd a művet angolra is lefordította. A krónikában előforduló topográfiai kérdések tisztázására első éveiben a közeli Kasmírban töltötte szabadságát. Később első régészeti expedíciói is ide vezettek Andrews társaságában, akitől ekkor sajátította el a fényképezés alapjait. Ezek az utak készítették fel őt a későbbi nagy expedíciókra.

1899-ben kinevezték a Calcutta Madrasah igazgatójává, de csak egy évig maradt ebben a tisztségben. Ekkor már kész tervei voltak kínai-turkesztáni expedíciójára, amelyhez a szükséges hivatalos engedélyt és támogatást is elnyerte.