1887年12月，史坦因到達印度，還在那裡找到安身立命之所。他抵達不久，便兼任拉合爾東方學院院長和旁遮普大學的註冊官，並迅速適應印度的環境，結識當地來自牛津大學墨頓學院的研究員艾倫（1869－1933）、阿拉伯人安隆德爵士（1864－1930）和梅約藝術學院的院長亨利．安德魯斯（1866－1957），三位學者成為他終生的摯友。安德魯斯後來更成為史坦因的助手，長期協助整理和登記中亞探險的考古成果。

史坦因到印度的首10年，主要以一位語言學者的身份來收集梵文手稿和編輯翻譯十二世紀出版的迦濕彌羅國梵文編年史《克什米爾王記》。為研究古文物，在最初的假期他祇專注於克什米爾的考古。後在安德魯斯所陪同下，史坦因多次到邊境的克什米爾作短期考察，並經安德魯斯學懂攝影，為日後遠行西域的考察作好準備。

1899年，史坦因在加爾各答經學教育學院任職一年校長，便趁這時機向印度政府申請考察中國新疆和闐周邊古遺址，並獲批准。